تتألف الملحقية الثقافية السعودية في اليابان من خمسة أقسام على النحو التالي
1.قسم الإشراف الأكاديمي: ويتولى مسؤولية متابعة الطلاب علميا وأكاديميا والتواصل مع المؤسسات التعليمية في مراحل اللغة والجامعات والدراسات العليا
2.قسم الشؤون المالية :ويتولى كل ما يتعلق بالمعاملات المالية وإعداد الإرساليات .
3.قسم الشؤون الإدارية: ويتولى كل ما يتعلق بالمعاملات الإدارية وشؤون الموظفين والمكاتبات .
4.قسم تقنية المعلومات: ويتولى كل ما يتعلق بإعداد البنية التقنية للملحقية والشبكة الداخلية بالإضافة إلى مواقع الملحقية على الشبكة والأرشفة الإلكترونية
5.قسم الثقافة والإعلام والترجمة: ويتولى كل مايتعلق بالأنشطة الثقافية والتنسيق بشأن المحاضرات العلمية في الجامعات والمناشط الطلابية بالإضافة إلى الكتب والتقارير المنشورة والصادرة عن الملحقية و الترجمة
